Takahiko Koyama  Takahiko Koyama photo         

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Lead Scientist - Watson Genomics
Thomas J. Watson Research Center, Yorktown Heights, NY USA
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Professional Associations:  American Association for Cancer Research

profile


Taka Koyama joined IBM Research at Yorktown in 2014. He had been at IBM Research Tokyo since 2009. Before joining IBM, he worked at Takeda Pharmaceutical Company as a computational chemist and a bioinformatician. He was engaged in 10 research projects in Takeda analyzing high throughput screening data and optimizing leads in both structure based and ligand based contexts. He optmized compounds in a PLK1 inhibitor project and TAK-960 from the project entered into a clinical trial.

Taka received BS in physics with Highest Honor from Georgia Institute of Technology in 1994 and Ph. D. in physics from Cornell University in 1999. After inspired by Human Genome Project, he became a postdoctoral fellow at University of Pennsylvania School of Medicine in 2001 where he conducted a research on protein flexibility. Then, he moved to Takeda Pharmaceutical Company as previously mentioned.

Alarmed by $1000 genome, Taka proposed Genomic Medicine Initiative at IBM in 2012. In the next year, he lead 2014 Global Techology Outlook topic 'Biospace Revolution'. That made him to move to Yorktown to lead Watson Genomic Analytics project and collaboration with New York Genome Center in Glioblastoma trial. Watson Genomic Analytics became a Watson Health offering Watson for Genomics in 2016 and it has been used over 20 cancer institutions and hospitals in US, Japan, China, and Canada.

In cancer area, Taka is analyzing non-coding mutations, splicing, non-coding RNAs, epigenomics, structural variants, and transposons. In a recent study, he found many recurrent mutations in uncharacterized pseudogenes and lncRNAs which might play critical roles in epigenomic regulation. Also, he is actively conducting research in immunotherapy. Not just tumor genome, leukocytes, TCR repertoire, cytokines, and even gut microbiome are related to responses to immunotherapy treatments. He believes that liquid biopsy based resonse monitoring combined with immunotherapy would revolutionize cancer treatments.

Aside from cancer area, Taka is working on genome and epigenome analysis of stem cells in a collaboration with CiRA eventually to achieve safe and effective iPSC derived cells. He is hoping to unlock mysteries hidden in genome and to establish underpinnings of cellular reprogramming and differentiations. Ramifications might lead to fundamental solutions to chronic disorders associated with aging such as Alzheimer’s disease, diabetes, and cardiovascular disorders as well as producing a cell with less difference to a target cell.


小山尚彦はIBM Watson研究所に2014年より赴任しており、2009年から東京基礎研究所に在籍しておりました。IBMに入る前は武田薬品工業株式会社にてバイオインフォマティクスや計算科学分野で探索研究を行い、10のプロジェクトでハイスループットスクリーニングのデータ解析やリード最適化を担当いたしました。PLK1阻害薬のプロジェクトではTAK-960が臨床試験に入りました。

小山はジョージア工科大学にて物理学の学士を1994年に取得し、その後、コーネル大学にて1999年に物理学の博士を所得しました。ヒトゲノムプロジェクトに大きな感銘を受け、2001年よりペンシルバニア大学医学部にて博士研究員としてタンパクの柔軟性についての研究を行い、2003年より前述のとおり、武田薬品工業株式会社に移りました。

迫りくる1000ドルゲノムの現実性に危機感を覚え、小山は2012年にIBM内でゲノム医療プロジェクトを立ち上げました。その翌年、GTO(グローバルテクノロジーアウトルック)のリーダーを務めました。がんゲノム医療のソリューションを作るべく、現在のワトソン研究所に転籍しニューヨークゲノムセンターとの協業をけん引いたしました。このソリューションはWatson for Genomicsとして米国、日本、カナダ、中国など20か所以上の医療機関で利用されています。

がん領域において、小山は非コード領域多型、スプライシング、ノンコーディングRNA、エピゲノム、構造多型、ならびにトランスポゾンの解析を行っています。最近の小山の研究では、多くの高頻度の変異をエピゲノムの調整を行っている可能性がある偽遺伝子ならびにlncRNAで発見いたしました。また、がん免疫療法の分野においても研究を行っています。がんゲノムのみならず白血球やT細胞受容体のバリエーション、サイトカインならびに腸内細菌環境もがん免疫療法の効果に関わっています。リキッドバイオプシーによるモニタリングががんの治療を大きく変化させると信じて研究しております。

がん以外の領域においては、京都大学iPS細胞研究所(CiRA)とより安全で効果的なiPS細胞を目指してiPS細胞ならびに分化細胞のゲノムならびにエピゲノム解析を行っています。ゲノムに秘められた多くの謎を解明し、細胞の初期化(リプログラミング)ならびに分化における基礎的な理解を深めることを目的とします。結果として、目的とするより完全な細胞を作ると同様に、アルツハイマー型認知症、糖尿病、心臓疾患など根本的な解決になることを願っています。